किसी और दवा की तरह, एंटीबायोटिक दवाओं के दुष्प्रभाव हो सकते हैं। अधिकांश एंटीबायोटिक्स समस्याओं का कारण नहीं बनते हैं यदि वे ठीक तरह से उपयोग किए जाएँ और इनके गंभीर दुष्प्रभाव दुर्लभ हैं। कुछ लोगों को एंटीबायोटिक दवाओं, विशेष रूप से पेनिसिलिन और एक प्रकार का सेफलोस्पोरिन (cephalosporins) से एलर्जी हो सकती है।