मायकोप्लाज्मा संभवतः ग्राम-धनात्मक जीवाणु से अपक्षयी विकास द्वारा विकसित हुए हैं और जातीवृति के आधार पर सबसे निकट कुछ क्लोस्ट्रीडिया से संबंधित हैं। मायकोप्लाज्मा सबसे छोटे जीनोम के साथ सबसे छोटे स्व-प्रतिकृति वाले जीव हैं।