मूत्रमार्ग में संक्रमण के निदान के लिए सबसे अच्छा परीक्षण है पेशाब का कल्चर करवाना और इसे एंटीबायोटिक चिकित्सा शुरू करने से पहले करवाना चाहिए। उपचार के बावजूद सही न होने वाले जटिल मूत्रमार्ग के संक्रमण के मरीजों में एवं मूत्रमार्ग के संक्रमण के नैदानिक निदान की पुष्टि के लिए पेशाब कल्चर करवाने की सलाह दी जाती है।