स्पाइना बिफिडा और रीढ़ की हड्डी को प्रभावित करने वाले अन्य जन्म दोषों के कारण भी मूत्र रुकावट हो सकती है। ये दोष मूत्राशय, रीढ़ की हड्डी और मस्तिष्क के बीच तंत्रिका संकेतों को बाधित कर सकते हैं, जो पेशाब के लिए आवश्यक होते हैं, और नवजात शिशुओं में मूत्र प्रतिधारण-मूत्राशय को पूरी तरह से खाली करने में असमर्थता का कारण बनते हैं।