भोजन के खराब होने का मुख्य कारण सूक्ष्मजीवों जैसे फफूंद और बैक्टीरिया द्वारा आक्रमण है।

माइक्रोबियल खराब होना। सूक्ष्मजीव जैसे फफूंदी, सांचे, खमीर, जीवाणु आदि सूक्ष्मजीवों के खराब होने का कारण बनते हैं।
शारीरिक खराब होना: फसल खराब होने, प्रसंस्करण या वितरण के दौरान भोजन को शारीरिक क्षति के कारण शारीरिक क्षति होती है। उदाहरण: एक फल जिसकी त्वचा क्षतिग्रस्त हो गई है।
रासायनिक खराबियां: खाद्य पदार्थों में रासायनिक प्रतिक्रियाएं प्रसंस्करण और भंडारण के दौरान खाद्य पदार्थों के रंग और स्वाद में परिवर्तन के लिए जिम्मेदार होती हैं।

आमतौर पर बिगड़ा हुआ भोजन समस्या पैदा करने की समस्या की तुलना में उपस्थिति की समस्या है। भोजन की उपस्थिति या बनावट में बदलाव, जैसे कि सड़न, कोमलता और रंग में परिवर्तन, स्वाद या गंध स्पष्ट हैं।