भोजन के खराब होने का मुख्य कारण सूक्ष्मजीवों जैसे फफूंद और बैक्टीरिया द्वारा आक्रमण है। माइक्रोबियल खराब होना। सूक्ष्मजीव जैसे फफूंदी, सांचे, खमीर, जीवाणु आदि सूक्ष्मजीवों के खराब होने का कारण बनते हैं।

जीवाणु-ये मांस, अण्डे, मछली एवं दूध को खराब कर देते हैं।
फफूंद-ये गर्म एवं नम मौसम से मुरब्बे आदि पर भूरी सी रोंएदार तह बना देते हैं।
खमीर-यह शर्करा युक्त पदार्थों को खराब करते हैं।
अवयव-सूक्ष्म जीवों के साथ-साथ ये सब्जियों, फलों तथा अन्य भोज्य पदार्थों को सड़ा देते हैं।