कवकीय संक्रमणों का उपचार उस विशेष कवक के लिए विशिष्ट एंटी-फंगल दवाओं से किया जाता है जो संक्रमण का कारण बने । ये दवाएं क्रीम या मलहम, सपोसिटरी या गोली के रूप में हो सकती हैं। फंगल संक्रमण जो सेप्सिस का कारण बनता है, अंतःशिरा एंटी-फंगल दवाओं के साथ इलाज किया जाता है।