फ्लुकोनाज़ोल का उपयोग आमतौर पर योनि थ्रश का उपचार करने के लिए किया जाता है, जिसका उपयोग एंटीफंगल क्रीम के विकल्प के रूप में किया जाता है। इसका उपयोग शरीर के भीतर कुछ कवक संक्रमणों का उपचार और रोकथाम करने के लिए भी किया जाता है।