बायोप्‍सी कोई खतरनाक ऑपरेशन नहीं है, लेकिन सभी सर्जरी की तरह इसमें भी मामूली-सा खतरा होता है। बायोप्सी शायद ही कभी खून, संक्रमण, और निशान का कारण होता है। हालांकि, ये जोखिम ऊतकों के इकठ्ठे होने की जगह, बायोप्सी के प्रकार और पहले से अन्य बिमारियों की स्थितियों पर आधारित होते हैं, जिनसे रोगी पीड़ित होता है।