अगर गुड़ ठीक से तैयार नहीं किया गया हो तो इसको खाने से आंतों में कीड़े या पैरासाइट्स होने की संभावना बढ़ जाती है। अधिकांश गुड़ अपेक्षाकृत अस्वच्छ तरीके से तैयार किया जाता है और रोगाणुओं की संभावना ज्यादा होती है। भले ही यह पौष्टिक होता है लेकिन इसमें चीनी होती है। यह अधिक रक्त शर्करा के स्तर को भी जन्म दे सकता है।