हालाँकि, नींबू पानी के अधिक सेवन से दांतों की सड़न, सनबर्न, नासूर, नाराज़गी या एसिड रिफ्लक्स, माइग्रेन और बार-बार पेशाब आने जैसे दुष्प्रभाव हो सकते हैं। हालांकि नींबू पानी के खुराक के स्तर को सूचीबद्ध नहीं किया गया है, एक दिन में एक या दो गिलास नींबू पानी का सेवन सुरक्षित माना जाता है।