एंडोमीट्रियोटिक सिस्ट का उपचार समुचित रूप से लैप्रोस्कोपिक विधि से किया जाता है। लैप्रोस्कोपिक विधि से सिस्ट-वाल को हटा दिया जाता है, लेकिन कई बार सिस्ट को दूर करने के दौरान सर्जन की गलती से काफी मात्रा में सामान्य ओवरी टिश्यू भी हटा दिए जाते हैं।