अगर सिस्ट बड़ा है या उसका आकार बढ़ता जाये तो ऑपरेशन या लैप्रोस्कोपी के द्वारा ओवरी से सिस्ट निकाल दिया जाता है। यह ओवरी में गाँठ की ओपन सर्जरी है। इस प्रक्रिया में जनरल एनेस्थीसिया का उपयोग किया जाता है। लेप्रोटॉमी के दौरान सिस्ट तक पहुँचने के लिए और एक बेहतर दृश्य प्राप्त करने के लिए पेट में एक बड़ा चीरा लगाया जाता है। सर्जिकल उपकरणों की मदद से सिस्ट या पूरे अंडाशय को निकाला जा सकता है।

हालाकि ओवरी में सिस्ट रोकने का कोई उपाय नहीं है। सिर्फ जरूरत है सतर्कता बरतने की। अगर माहवारी अनियमित हो, तब शीघ्र ही डॉक्टर से परामर्श लें।