ओमेगा-3 का ज्यादा सेवन करने से आंतों से सम्बंधित समस्याएं भी हो सकती हैं. इसे सप्लीमेंट्स के रूप में लेने पर एसिडिटी, डकार आना, दस्त, पेट फूलना और सीने में जलन जैसी तकलीफें हो सकती हैं.