आंतों में मारे गए कुछ स्वस्थ बैक्टीरिया को बहाल करने के लिए एंटीबायोटिक दवाओं के एक कोर्स के बाद प्रोबायोटिक्स भी लिया जाना चाहिए। एक अध्ययन से पता चला है कि प्रोबायोटिक्स विघटनकारी घटना के बाद माइक्रोबायोटा को उसकी मूल स्थिति में बहाल कर सकते हैं, जैसे एंटीबायोटिक्स।