यदि अजवाइन का अधिक मात्रा में सेवन किया जाए तो मुंह में जलन की समस्या हो सकती है. अजवाइन के अधिक सेवन से मुंह में छाले भी हो सकते हैं. यदि आप जरूरत से ज्यादा अजवाइन का सेवन करते हैं तो इससे मितली और उल्टी की समस्या हो सकती है. यदि आपको अजवाइन से एलर्जी है तो भूलकर भी अजवाइन का सेवन ना करें