पनीर में फैट की भी पर्याप्त मात्रा होती है। पनीर में मोनोअनसैचुरेटेड और सैचुरेटेड फैट पाया जाता है। 100 ग्राम पनीर में लगभग 27 ग्राम फैट पाया जाता है। हालांकि पनीर में मौजूद फैट शरीर के लिए बहुत ज्यादा नुकसानदायक नहीं माना जाता है।