खुबानी की गुठली के अंदर एक बीज होता है जो छोटे बादाम की तरह होता है। खुबानी की बहुत सारी किस्मों में इसके बीज का स्वाद मीठे बादाम जैसा होता है और इसे खाया जा सकता है। लेकिन इसमें हल्की मात्रा में एक हाइड्रोसाइएनिक एसिड नाम का जहरीला पदार्थ होता है। यही कारण है कि बच्चों को खुबानी के बीज नहीं खिलाने चाहिए।