अधिक मात्रा में मछली के तेल का सेवन करना स्वास्थ्य के लिए हानिकारक हो सकता है। लिवर की बीमारी के कारण लोगों में मछली के तेल का सेवन करने से ब्लीडिंग का खतरा बढ़ सकता है। मछली का तेल लेने से अवसाद के लक्षण बढ़ सकते हैं। मछली के तेल का उच्च मात्रा में सेवन करने से रक्त शर्करा को कंट्रोल करना अधिक मुश्किल हो सकता है।