बॉडी के खुद के इम्यून सिस्टम के ब्रेन टिश्यूज पर अटैक करने के कारण भी ब्रेन में सूजन आ सकती है। लक्षणों में हाई फीवर, सिरदर्द, तेज रोशनी से तकलीफ, गर्दन और कमर अकड़ना, उल्टी, सिर घूमना अादि हैं।